Tukholman satama koostuu useista alueista, joista tärkeimmät ovat Värtahamnen, Frihamnen, Stadsgården ja Skeppsbron. Varsinkin Värtahamnen ja Frihamnen ovat keskeisessä asemassa Helsingin sataman ja Tukholman välisessä lauttaliikenteessä, kun taas Stadsgården ja Skeppsbron ovat lähempänä keskustaa ja saavat paljon risteilyjä.